Milli kume maclarinda cok enteresan olaylara sahit olunmus. 1938 yilinda Cumartesi ve Pazar deplasman maclarindan ikincisini kendi stadimizda oynamak istemis ve o gunku Federasyon (Turk Spor Kurumu Genel Merkezi) buistegi red etmis.Bunun uzerine takim pazar gunku maclarina belirlenen saatte Taksim yerine Kadikoyde sahaya cikmis ve hukmen yenik sayilmisiz. Federasyonun o donemde takimlara odedigi deplasman masrafi olan 800 lira yerine Fenerbahceye 650 lira gonderilmesi uzerine takim vapura binmemis ve Izmire gitmemis ve bir kez daha hukmen yenik ilan edilmisiz. Bu hukmen maglubiyetler Federasyonu iyice sinirlendirmis Fenerbahcemizi Diskalifiye ettigi gibi Milli lig dahil kluplerle ozel maclar yapmasinida yasaklamis. Yani bugunku kavgalar ve gurultuler o gunlerdede varmis. Fenerbahçe-Genel Merkez surtusmesi maclarin Kadikoye alinmasina ragmen devam etmis. Bu arada yonetim kurulumuz Futbol faaliyetlerini bir sure tatil etme karari almis ancak daha sonra Baskanligimizi yapan donemin futbolcusu Muvaffak Menemencioglunun destekledigi futbolcular 19 Mart 1939 sezonunun ilk Milli lig karsilasmasina cikip oynamis ve maci 1-0 kazanmis. Lisans ibra edemeyen takimimiza Federasyon musamaha gostermis ve klube karsi futbolculari destekledigini basin yoluyla aciklamis.Genel Kurulumuz (Muesesan Heyeti) 29 Martta 1939 olaganustu toplanmis Yonetim kurulunun aldigi karara ragmen kendilerinden habersiz mac yaptiklari futbolcularini ciidi sekilde uyarmis tekrarinda klupten ihrac edileceklerini ve bu konuda Yonetim Kuruluna tam yetki vererek ihtar etmis. Genel Kurul ayni zamanda yonetim kurulunun futbol subesini bir sure tatil etme kararini kaldirmis 1939 yili milli ligine katilma karari almis. Bunun uzerine Yonetim kurulu istifa etmis ve olaganustu kongre yapilmis.Goreve gelen Yonetim kurulu cok basarisiz olmus tarihimizin en kotu sonuclarini almisiz. 5. bitirdigimiz milli maclarda klupten ihrac edilen futbolcular sebebiyle maclara zaman zaman kalecisiz oynamak zorunda kalmis bek gorevi yapan Muzaffer kaleye gecmis hatta ve hatta maclara 10 dahi ciktigimiz olmus. 1940 yilinda kapatilan Gunes takimindan Melihi, Cihat Armani ve bir kac daha futbolcuyu transfer etmis ancak takimin cok yetersiz olmasi sebebiyle acinacak durumlara gelmisiz. Tarihimzdeki o sanli zaferlerin mazide kalmis ve futbol olarak cok gerilere gitmisiz. O yillardada Fenerbahceyle oynanmaya haklari gasp edilmis. Santrafor Melih bir Vefa macinda iki Vefali futbolcu tarafindan bayiltilmis ve 15 dakika kendine gelememis. Kendine geldikten sonra sahaya geri donmus ve bir hava topuna ciktiginda ayni 2 Vefali oyuncuyu bayiltinca 9 ay ceza almis. Melih Kotanca; son derece cabuk, guclu ve gozu kara Fenerbahce askiyla dolu bir futbolcuymus onu safdisi etmek icin her macta ugrasilmis ve son olarak Vefa macinda Fenerbahce kulubune karsi bir komplo ve surup gelen dusmanca tutumun bir kaniti olmus. Melih 9 yil formasini giydigi Fenerbahce adina 185 macta oynamis ve 204 gol atmis bir oyuncuymus. Federasyonun bu dusmanca tutumu, kapatilan Gunes de forma giyen milli sag bek Faruk Barlasin yoneticilerin sorumsuzlugu yuzunden 270 liralik kisa hizmet askerlik bedelinin odenmemesi ve bir cok konu yuzunden Fenerbahcemiz 41-42 yillarinda 2. le ve 3. lukle yetinmek zorunda kalmisiz. Genc kaleci Cihat Armanin transferi ve performansi uzun yillar Fenerbahce formasini giyecek olmasi camiamiza teselli olmus.13 yil Fenerbahce formasini giyme basarisini gosteren Cihat Arman Turkiyenin gelmis gecmis en iyi kalecisi unvanini kazanmis. Ucan kaleci Fenerbahcemizin orta dogu karmasi ile oynadigi macta unlu Fantonun 2-3 metreden cektigi sutu sakatlanma pahasina kurtarmis iki dakika sonra Wodwordun penaltisini cok ustaca celince mactan sonra kafile baskani ve hakem lorey ve butun ingiliz futbolcula Cihata kosup kutlamislar.Keza zamanin meshur futbolcusu Deak ten gol yemeyen tek kaleci Cihatmis, bir macta sol ust koseye vurdugu voleyi inanilmaz bir refleksle plonjon yap is ve kurtarmis bunun uzerine Deak gidip Cihatin elini sikarak tebrik etmis. Mektelilerin kluplerde oynamasina tekrar izin verilince Fenerbahcemiz toparlanmis.1943 yilinda Galatasaray Izmirde Altinorduyu 4-0 yenmis Fenerbahce ise Goztepeye 2-1 yenilmis ve Galatasaray 1 puan ile liderlige yukselmis ayni aksam galatasaraylilar izmirde bir pavyonda sabaha kadar eglenmis mikrofonlarda Fenerbahceye hakaret edilmisine ragmen Fenerbahcelilerin sogukkanliligi sayesinde bir olay yasanmamis. Bir sonraki hafta karsilastigimiz galatasaray macina ilk kez galibiyet yemini ederek cikmis ve sahayi galatasaraylilara dar ederek 1-0 yenmis ve sahadan taraftarlarinin omuzlarinda sampiyon tezahuratlari altinda ayrilmisiz.Daha sonraki haftalarda Vefayi 4-0, Besiktasida 4-1 yenerek 3.kez Milli Kume sampiyonu olmusuz.
1.TÜRKiYE LiGLERiNiN BASLANGICI 1959 TÜRKiYE LiGi VE FENERBAHÇENiN iLK SAMPiYONLUGU
21 Subat 1959 da baslayan deplasmanli Turkiye liginin ilk yil sampiyonasi 16 klup arasinda 2 devreli ancak zaman azligi Beyaz ve Kirmizi adli 2 grup halinde tertiplanmis. Grup birincileri 2 final maciyla sampiyonu tayin etmis Beyaz grupta : Fenerbahce, Istanbulspor, Besiktas, Beykoz, Ankaragucu, Hacettepe, Altay ve Izmirspor mucadele etmis Kirmizi grupta ise: Galatasaray, Karagumruk, Adalet, Vefa, Ankara Demirspor, G.Birligi, Karsiyaka ve Goztepe mucadele etmis. Fenerbahcemiz 12 Galibiyet ve 2 beraberlik alip 26 puanla, namaglup grup birincisi olmus attigimiz 29 gole karsin kalemizde sadece 7 gol yemisiz. Kirmizi grupta 20 puan alarak birinci olan Galatasaray ile finali 10 ve 14 Haziran 1959 da oynamisiz. Ignas Molnarin yonetmindeki Fenerbahce herkes tarafindan favori gosterilmis. 18.016 biletli seyircinin odedigi 237.000 lira donemin hasilat rekoru olarak tarihe gecmis. Son 54 macinda yenilgi yuzu gormeyen Fenerbahce ilk Profesyonel ligi finalinde Galatasaraya, cok sert gecen bir karsilasma sonucunda Metin Oktayin golu ile 1-0 maglup olmus. Basinda son yillarin en sert maci olarak gundeme gelmis, faulsuz futbolu ile bilinen Metin Oktayin 13.dakikada Ozcan Arkoca salladigi kasti tekme sonucu Yugoslav hakem Markovic Metin Oktay'i ihrac etme tesebusunde bulunmussada bu hareketi sahaya giren Galatasarayli yoneticiler tarafindan onlenmis. Aglari yirtan gol olarak bilinen Metin Oktayin golu ise aylarca bakim gormeyen curuk aglar sayesinde konu edilmis oldugu Sn.Dr. Rustu Daglaroglu tarafindan kitapta ozellikle belirtilmis. Finalin ikinci ayagi 14 Haziran 1959 da Inonu stadinda, yine rekor olarak tarihe gecen 26.533 biletli seyircinin 355.866 lira odedigi macta oynanmis. Fenerbahce dort gun once asiri sertlige goz yumdugu ve etki altinda kalarak kararlari degistirerek maci cigrindan cikardigini iddia ederek hakemin degismesini istemis, bu istek Federasyon tarafindan kabul gormus maca Italyan hakem Francesca Liveraniyi atamis. Maca ; Ozcan-Saracettin,Basri,Naci(K)-Osman,Avni, Lefter,Seref,Yuksel-Can ve Niyazi onbiri ile maca baslamis.Bastan sona ustun bir futbol sergileyerek maci 9, 44, 70, 72. dakikalarda Yuksel, Naci, Mustafa ve Serefin golleri ile 4-0 kazanarak rakibini surklase ederek ilk Turkiye 1. ligi sampiyonlugunu ilan etmis. 160. ezeli rekabet macinda rakibini farkli yenen Fenerbahce kupasini federasyon baskani Faik Gokaydan almis ve sampiyonluk turu atmis. 1959-60 Turkiye 1.Ligi ; Turkiye liglerinin ikincisi 16 Agustos 1959 carsamba gunu baslamis.Ilk macimizda Ferikoyu 2-1 yenmisiz. 38 macda Seref 36 macda forma basarisini gostermis. Atilan 88 golun 17 sini Lefter kaydederken kalemizde 17 gol gormus ve ligi 60 puanla Besiktasin ardindan 2. olmusuz. 3.lugu ise 58 puan alan Galatasaray almis. Ilk kez katildigimiz Avrupa Sampiyon klupleri kupasin ilk turda Macaristan sampiyonu Csepeli Budapeste'de elemis, 2.turda Fransa sampiyonunu Paris-Soir gazetesine ozel baski yaptiran 2-1 lik sonucla elemisiz. 3.Turda ise elenmisiz. Ligde sampiyonlugu kaybetmemizin sebepleri arasinda; Primi azaltmak, kamplarinin kaldirilimasi, ve bu kararlara itiraz eden Genel Kaptan Ismet Ulug'un istifasi daha sonra Molnar'in istifaya zorlanarak istifa etmesi gosterilmis.
